PubMed 数据库检索
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技能介绍
解决的问题
生物医学检索常常卡在查询语法、MeSH 副标题、发表类型筛选和 API 取数细节上。手工拼接 AND、OR、NOT、字段标签和日期范围,容易遗漏同义词或误用自动术语映射;若要用脚本批量拉取摘要、PMID 或 DOI,还要处理速率限制和历史服务器。
技能如何工作
该技能把 PubMed 检索拆成 可复用的工程步骤:先用布尔运算符、字段标签、短语和通配符构建查询,例如 [tiab]、[mh]、[pt]、[dp];再用 MeSH 主词、副标题如 diabetes mellitus/therapy[mh] 提高精确性;接着按文章类型、日期和 free full text[sb] 筛选。对于自动化,它覆盖 NCBI E-utilities 的 ESearch、EFetch、ESummary、EPost、ELink 等端点,并建议对大结果集使用 usehistory=y、本地缓存和指数退避。它还提供系统综述搜索、引文匹配、相似文章、导出 .nbib、CSV、XML 等工作流。
适用边界
该技能适合生物医学与生命科学文献检索,不提供出版商付费全文访问;显示结果最多 10,000 条,搜索历史和剪贴板会过期,API 仍受 3 到 10 次/秒的速率限制。涉及复杂多步研究时,可按需查阅其 api_reference.md、search_syntax.md 和 common_queries.md。
使用场景
- 在系统综述前期,按 PICO 构建 MeSH 与自由词查询并导出候选文献
- 在监控某疾病新药研究时,保存 PubMed 搜索并配置邮件提醒与 RSS
- 在批量抓取论文摘要时,调用 ESearch、EFetch 和 ESummary 并处理速率限制
- 在整理临床试验证据时,按日期、文章类型和免费全文筛选并导出 .nbib
适合人员
- 医学研究员:为系统综述快速构造可复现的 PubMed 检索策略
- 生物信息工程师:用 E-utilities API 批量拉取 PMID、摘要和元数据
- 临床药师:按 MeSH、疾病副标题和发表类型查找循证证据
- 文献计量分析人员:导出 CSV 或 XML 做清洗与统计分析