技能介绍

要解决什么问题

读论文时，摘要和讨论往往很清楚，但真正动手复现时卡在「他们到底按什么顺序做了什么」：哪些步骤写在正文里、哪些只能靠经验补全、哪些参数和软件版本根本没写。把 Methods 段落「概括一遍」和「还原成可执行流程」是两回事；后者还需要区分显式报告的方法、可从上下文推断的逻辑、以及缺失但很可能必要的操作细节。

技能如何工作

该技能以生物医学方法学重构为目标，输出面向复现与审计的分步工作流，而不是论文摘要或凭空补协议。执行时会先做输入覆盖度判定（完整 Methods、部分材料、或仅摘要/DOI），再按 references/ 中的规则模块路由研究设计类型，并强制产出 Sections A–K 结构，例如：

Section B：识别 RCT、队列/病例对照、诊断预测模型、组学/生信流水线、基础实验等设计族
Section E–F：拆分数据/样本来源、纳排与分组，再按顺序重建预处理、建模、实验测量与下游验证
Section G–H：提取软件、平台、阈值与 QC/对照/内外部验证路径
Section I–J：列出复现缺口与可操作的复现清单（输入、工具、决策点、未决依赖）
Section K：给出复现就绪度判断（可直接复现 / 需合理假设 / 概念可追踪但操作欠规格 / 无法从现有报告复现）

每一步在流程中会标注状态：explicitly reported、strongly inferable 或 missing / unresolved，避免把「常规方法」当成已写全的协议。

适用边界

有效输入包括全文 PDF、Methods 文本、摘要+标题、DOI/PMID、方法图/流程图截图，或「帮我还原他们实际做了什么」类需求。以下请求应直接拒答并说明原因：要求编造缺失参数、样本量、软件版本或协议；患者个体化医疗建议；或在方法严重欠规格时虚假宣称可完全复现。Level 3（仅标题/摘要）时只做受约束的设计级与流程可能性轮廓，不会用模型记忆补全缺失链路。