腾讯组学 Jupyter Notebook 交互式分析
将以下提示词粘贴到你的 AI 对话框中:
请根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md,安装 @tencent-adm/omics-notebook-skill。
技能介绍
要解决的问题
在腾讯健康组学平台(genomics.qq.com)上跑 Jupyter Notebook,常规路径是打开控制台、选环境、填镜像和资源规格、挂载 COS 目录,然后回到本地终端找实例 ID 做后续操作。环境一多,这套流程的上下文切换成本很高,而且网页操作留下的痕迹很分散,很难被脚本或对话式工具复用。这个技能把「管理 Notebook 实例」收敛成一组确定性的 CLI 调用,让 agent 可以按固定步骤推进,而不是每次从控制台重新摸索一遍。
核心能力与关键步骤
技能的能力边界严格等于 CLI 的四条白名单命令:notebook create、notebook list、notebook start、notebook stop。所有命令统一通过 scripts/omics_cli.py 拼接执行,参数和输出格式保持一致。另外两个脚本 remote_get.py 和 remote_exec.py 负责把远端 .ipynb 拉到本地、再在实例上执行,两者是先后前置关系。
执行任何业务命令前,技能会做三道前置检查:确认本机已装 omics-platform-cli(Step −1)、omics whoami 鉴权有效(Step 0.1)、omics config show 的 region / environmentId / projectId 字段齐全(Step 0.2)。任一环节不通过就停下来,把引导话术交给用户在本机终端补完,而不是替用户猜。
创建实例是最重的路径,分快速启动(Python 镜像、1 核 1G、名称带时间戳)和自定义配置两条分支。自定义模式按 CPU / GPU 分叉收集参数:CPU 模式先选核数,再从该核数对应的内存白名单里选值;GPU 模式下 T4 和 V100 各有固定规格表,CPU 与内存由所选 GPU 组合决定,不由用户单独指定。随后拉取环境已有的 COS 挂载列表供确认,只有用户新增的挂载点才通过 --cos-mounts 传入;再从候选里选一个作为工作目录,列出目录下已有的 .ipynb,让用户决定复用还是新建。
notebook create 是唯一必须二次确认的写操作:技能先输出参数摘要表,等用户明确回复 y / 确认 / 继续 才执行,模糊回复会被再次追问。start 和 stop 同样改变实例状态,但由于需要精确指定 NotebookId 且不覆盖数据,免确认执行。
适用边界
这个技能不直接调用后端 HTTP API,不拼 run、status、debug 这类不存在的命令,也不绕过 CLI 自己构造请求。omics login 和 omics config set 是交互式的,OAuth 回调必须落在用户本机,因此技能只给引导话术,从不自己拉起这两个子进程。CLI 未安装时同样只给下载页链接,不会用 curl / pip / brew 替用户装。
属于用户治理空间的字段——--name、--cos-mounts 里的 Bucket、--volume-mounts 里的 VolumeId——一律不猜,缺失就停下来问。创建失败时,--cpu / --memory 不匹配、GPU 规格不支持、环境不是 MANAGED_KUBERNETES 等情况,技能会把 CLI 回显的可选项原样转述给用户重选。
使用场景
- 需要新建一个 Notebook 实例跑分析,但不确定选 CPU 还是 GPU 规格,想快速拿到可运行的环境。
- 手里有一批已创建的 Notebook 实例,想快速盘点哪些在运行、哪些已停止,并停掉闲置的。
- 想把实例上已有的 .ipynb 文件拉到本地检查,再在实例上执行更新后的代码。
- 环境里有多个项目和 COS 挂载点,需要在切换前确认当前配置的 region、环境 ID 和项目 ID 是否正确。
适合人员
- 生信分析师,每周要在组学平台上跑多个分析流程,需要频繁创建和启停 Notebook 实例。
- 组学平台运维工程师,负责管理多个环境的 Notebook 资源,需要批量盘点和清理实例。
- 数据科研人员,已有 Notebook 文件存在远端 COS,需要拉取到本地修改后再上传执行。
- 计算环境配置人员,需要在切换项目前确认当前 region、环境 ID 和 COS 挂载是否正确。