腾讯iDrug骨架跃迁WDL流程
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请根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md,安装 @tencent-adm/idrug-shs-wdl。
技能介绍
解决什么问题
iDrug.SHS 骨架跃迁是一个基于 VAE 生成候选分子的生信分析应用,需要通过 WDL 工作流在腾讯健康组学平台上运行。直接使用 omics-platform-cli 时,开发者面临几个实际问题:应用参数(如 AppId、--app-type)需要手动拼接,--nf-version 参数对于 WDL 类型应用是多余的,且 omics run 是一个有副作用的操作——它会在项目中创建应用记录并消耗配额。参数填错、忘记同名检查或跳过配额检查,都会导致运行失败或资源浪费。
技能如何工作
这个 Skill 将 iDrug-SHS 骨架跃迁-WDL 这一个公共应用封装为固定入口,所有命令通过 scripts/omics_cli.py 拼接,参数与输出格式统一。
关键步骤:
- 鉴权与配置检查:通过
omics whoami和omics config show确认登录状态与项目环境(Region / ProjectId / EnvironmentId / CosBucketName)就绪。 - 配额检查:C 端体验用户在登录后和每次
omics run前强制执行两次配额检查,根据RemainDays和TodayRemainingRuns分四档处理。 - 同名检查:导入前通过
omics list-apps --type WDL限定查询范围,检查项目中是否已有同名应用,冲突时引导用户重命名而非拒绝。 - 运行确认:展示完整命令与参数摘要,用户明确确认后才执行
omics run,WDL 类型不传--nf-version。 - COS 上传:当输入参数需要本地生成的文件(如 AI 生成的蛋白质序列)时,先将文件上传到用户绑定的 COS 桶,再以 COS 路径作为参数。
适用边界
这个 Skill 只服务于 iDrug-SHS 骨架跃迁-WDL 这一个应用,--public-app 固定为 9c4555d0-b2b5-42e1-91ce-9c5fd440b412。运行其他应用会被拒绝,引导用户使用 omics-task-skill。所有命令受 references/cli-whitelist.md 约束,未列出的命令一律不得调用。
使用场景
- 在腾讯健康组学平台运行 iDrug-SHS 骨架跃迁 WDL,提交 VAE 生成的候选分子做结构校验和相似性排序
- 项目里已有同名 WDL 应用,需要在导入 iDrug-SHS 骨架跃迁前重命名,避免运行记录冲突
- 用 AI 生成的蛋白质序列作为输入跑骨架跃迁,需要先把本地文件上传到 COS 桶再提交运行
- 提交骨架跃迁任务后,需要查询运行状态并查看 outdir 目录中的候选分子生成结果
适合人员
- 生物医药研发工程师,需定期在组学平台跑骨架跃迁等生信分析,不想每次手动拼接 CLI 参数
- 生信平台运维人员,负责维护 omics CLI 的登录状态、项目配置和环境,确保任务能稳定提交
- 药物设计研究员,用 VAE 生成候选分子后,需要在腾讯健康组学平台完成结构校验与化学过滤