腾讯 scPROTEIN 单细胞蛋白组分析

解决什么问题

单细胞蛋白组数据常受批次效应干扰，且蛋白表达存在缺失与不确定性；直接跑公共应用时，还要处理 CLI 鉴权、项目/环境/存储桶配置、Nextflow 版本、应用名冲突和输入文件不可见等问题。本技能把 scPROTEIN 的运行流程收窄为一条受控链路：基于图神经网络做去批次降噪、不确定性估计、embedding 与细胞类型表征。

技能如何工作

• 锁定合集：仅服务 scPROTEIN Collection (Nextflow)，内置两个子应用 scPROTEIN_stage1 和 scPROTEIN_stage2，禁止使用合集 AppId 直接运行。
• 执行检查：先做 whoami、config show、配额检查；C 端用户按剩余天数与今日次数分档阻断或放行。
• 导入保护：omics run 前进行同名应用检查，冲突时引导重命名；Nextflow 子应用必须指定 --nf-version。
• 文件输入：本地文件需先经用户确认并上传到 COS，再用返回路径作为运行参数。
• 失败处理：解析 DUPLICATE_APP_NAME、PARAM_MERGE_FAILED、MISSING_NF_VERSION 等错误，必要时切换 --app 复用孤儿应用，但不自动删除。

适用边界

该技能不是通用组学 CLI，不能运行本合集以外的公共应用或项目应用；越界请求会被拒绝并引导使用 omics-task-skill。它面向已有腾讯健康组学平台账号、可配置项目/环境/COS 桶的工程师，适合需要稳定复现 scPROTEIN 两阶段流程的场景。