腾讯IgGM抗体药物设计流程
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请根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md,安装 @tencent-adm/iggm-protenix-msa-wdl。
技能介绍
它解决什么问题
抗体药物研发早期,候选分子的生成、抗原-抗体复合物结构预测与优先级排序,通常散落在多条工具链上:序列设计一套管线,结构预测另一套,最后靠人工把结果拼起来。抗体研发-IgGM-Protenix-MSA版-WDL 把 IgGM、Protenix 与 MSA 收敛到同一个公共应用中,但它在平台上只是一个 WDL 应用,手写 omics run 命令既容易拼错参数,也可能误触发并不属于自己的应用。这个 SKILL 处理的是最后这一公里。
技能如何工作
它是 omics-task-skill 的单应用收窄版,所有命令统一走 scripts/omics_cli.py 的 OmicsCLI,权限范围严格等于 omics-platform-cli 白名单中仅允许 form B 的子集。
- 应用锁定:
AppId硬编码为b1b882b0-fc6d-49f3-8e4c-a2cc2db526ce,类型固定WDL,不传--nf-version。 - CLI 与鉴权:先确认 CLI 存在,再依次执行
omics whoami与omics config show,按 B 端 / C 端分流。 - 配额检查:C 端用户登录后首检一次,每次提交
omics run前再强制复检;按剩余天数与次数分四档处置,耗尽即阻断,且不受「直接跑」这类指令影响。 - 同名检查:导入前以
--type WDL限定范围查重,重名则引导用户改名后循环重查,绝不自动改名、删除或修改已有应用。 - 运行与取证:展示完整命令与参数摘要并二次确认后才执行;异步失败走 debug 三段式,stderr 原样贴出,修复后统一重发。
输入与输出
--input 未传时自动套用应用注册的 InputTemplate,传入时只覆盖对应字段。本地生成的序列或参考文件需先经 omics cos upload 传到用户绑定的 COS 桶,拿到可访问路径再运行。参数含 outdir 时,任务结束会主动提醒输出目录位置,不假设用户自己知道。
适用边界
只能运行这一个 WDL 应用。用户要求跑其他应用时必须拒绝,并引导改用 omics-task-skill。form A(本地 WDL)与 form C(项目内应用)的运行方式在此技能中被明确禁止;不带 --type 的 list apps、不带 keyword 的公共应用列表同样不允许。
使用场景
- 首次通过 CLI 跑 IgGM 抗体研发 WDL 前,完成登录、地域与 COS 桶配置
- 本地生成抗体序列文件需作为输入时,先上传到绑定 COS 桶再提交运行
- 项目里已有同名 WDL 应用,需要按引导改名并重新导入当前公共应用
- 任务完成后需要确认输出目录,读取候选排序或复合物预测结果
适合人员
- 把 omices CLI 嵌入自动化脚本的工程师,需要固定 AppId 与参数模板避免误跑其他应用
- 生信分析工程师,负责抗体候选生成与复合物预测任务的提交和结果取回
- 抗体研发平台运维或业务负责人,需要统一命令格式、鉴权处理和 C 端配额校验
- 使用 Python 调用 OmicsCLI 的集成开发者,依赖结构化 JSON 输出做后续解析