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腾讯 scBert 单细胞预训练模型

腾讯 scBert 单细胞预训练模型

行业专业 更新于 2026.08.30

将以下提示词粘贴到你的 AI 对话框中：

请根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md，安装 @tencent-adm/scbert-skill。

技能介绍

问题

单细胞分析工作流通常依赖特定平台上的 NEXTFLOW 应用，但在 Agent 会话中容易混入越界命令、缺少鉴权配置、重名应用导致运行失败等问题。这个技能把操作收窄到腾讯健康组学平台的 scBert 单细胞预训练模型，只用于细胞精细注释、新亚群挖掘和 Marker 筛选。

如何工作

  • 命令收窄：通过 scripts/omics_cli.py 构造命令，并锁定 AppId、NEXTFLOW 类型与公共应用参数。
  • 前置检查：执行前检查 whoami、config show；C 端体验用户还会按剩余天数和今日次数做配额判断。
  • 同名保护：导入前强制做带 --type NEXTFLOW 的同名检查，重名时引导重命名而不是覆盖。
  • 运行约束：必须选择 nf_version，默认使用 InputTemplate，也可用 --input 覆盖参数；本地文件输入需要先上传到 COS。

边界

  • 仅运行本应用：不能运行其他应用，也不能用项目自有应用或其他 AppId 替代。
  • 异常处理：若命令越界、鉴权失败或平台未配置，应分别回到技能提示、omics login 或平台配置流程。

使用场景

  • 在单细胞分析项目中，用 scBert 运行细胞精细注释并查看输出目录。
  • 当需要发现未定义亚群时，用 scBert 做新亚群挖掘并筛选 Marker。
  • 使用本地生成的参考序列作为输入时，先上传 COS 再运行 scBert。
  • 遇到运行失败时，按退出码检查鉴权、NF 版本或参数合并错误。

适合人员

  • 做单细胞转录组分析的生物医药研究员，需要在腾讯健康组学平台运行 scBert 做细胞注释。
  • 维护 Nextflow 单细胞流程的生信工程师，想固定公共应用参数并提交 scBert 任务。
  • 需要把本地生成 FASTA 或参考文件交给平台运行的科研助理，先上传 COS 再调用 scBert。
  • 使用 C 端体验配额的组学平台用户，需要在提交前检查剩余天数与今日运行次数。