技能介绍

解决什么问题

拿到一个 .pdb 或 mmCIF 结构文件后，通常得切到 PyMOL、Chimera 这类独立客户端：先把文件拷过去，再手动点菜单。想「只看 A 链」「把活性口袋 5 Å 内的残基标出来」「量一下 His57 NE2 与底物的距离」，每一步都要重复操作，也很难跟脚本或对话式分析流程接起来。这个技能把 3D 查看器搬进 WorkBuddy 的对话流里，用自然语言直接操控场景。

技能如何工作

渲染层：本地自托管 Mol\* (molstar) 5.9.0，只加载 templates/molstar.js 与 templates/molstar.css。服务由 serve_pdb.py 启动，仅用 Python 3 标准库（http.server、urllib、base64、json），不需要 pip 装包。
控制通道：在内置浏览器打开页面后，自然语言指令被翻译成 POST /api/command，执行结果通过 SSE 实时推送回浏览器。
数据加载：支持本地 PDB 路径、RCSB ID 和 cos:// URI。COS 读取走 CosBucketService.GetObjectData 接口，session_id 作鉴权，EnvironmentId 从 ~/.omics-platform-cli/omics_config.json 读取。
结构操作：8 种表示方式与 8 种着色主题，可按链隔离或恢复、隐藏水分子与配体、按原子名/元素/配体名/空间距离/B-factor 选择、给残基加文字标签。
测量与分析：支持任意原子间距离、三原子角度、四原子二面角，以及氢键、金属配位、盐桥、疏水接触和空间冲突检测。
导出：截图（含透明背景）、保存与恢复场景快照、导出选区或过滤后结构（export_filtered，derive_file 模式）。

适用边界

只能在 WorkBuddy 内置浏览器中打开，不会主动调用用户本机浏览器。
权限严格收口：只调用上述一个 COS 接口，不允许借它跑 omics-platform-cli 的其他命令；coscli 通道也只执行 cp 下载。
coscli 目前仅支持永久密钥，不支持 STS 临时密钥，且需要用户自行安装和配置。
{SKILL_ROOT} 是占位符，运行时必须替换为用户本机的实际安装路径。
COS 路径的 key 必须以 .pdb 结尾，region 由脚本按白名单自动识别；本地 PDB 不依赖 omics-platform-cli。