ClinVar 临床变异数据库

要解决什么问题

临床遗传学和变异解读工作里，你经常要在 NCBI ClinVar 里查某个基因或位点是否已有致病性断言、证据是否一致，还要把结果写进 VCF 注释或本地分析库。ClinVar 数据量大、更新节奏固定（Web 每周、FTP 月/周增量），且同一变异可能出现 矛盾解读 或长期停留在 VUS。本技能把 Web 检索语法、E-utilities 编程访问、FTP 批量下载与常见文件格式处理串成可复现的工作流，而不是只给一条主页链接。

技能如何帮你干活

• 搜索与查询：按基因（如 BRCA1[gene]）、疾病、临床意义（pathogenic[CLNSIG]）、变异名或染色体组合检索；自动化前先在 Web 界面验证查询，再用 esearch / esummary / efetch / elink 拉摘要或完整 XML。
• 解读临床意义：对照 ACMG/AMP 胚系术语（P、LP、VUS、LB、B），并看 审核星级（优先 3～4 星专家/指南级断言）。
• 批量数据：从 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/ 取 XML（VCV/RCV）、GRCh37/GRCh38 VCF 或 variant_summary.txt.gz 等 TSV；用 xml.etree、bcftools/PyVCF、pandas 或命令行做筛选与注释。
• 矛盾与版本：星级、提交标准与日期、群体频率（如 gnomAD）一起评估；记录访问日期与数据集版本以便复现。

技能内 references/ 下有 API、临床意义与数据格式的详细说明，并附带 CFTR 高置信致病变异、VCF 注释、疾病维度分析和本地库构建等示例路径。

适用边界

ClinVar 不能替代 临床遗传学判断；VUS 不等于诊断结论。VCF 发布集 不含 >10kb 与复杂结构变异。API 有速率限制（无密钥约 3 次/秒，有密钥约 10 次/秒）。跨项目分析需统一 GRCh37/GRCh38 与所用 ClinVar 快照版本。