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KEGG 生物通路数据库

行业专业 更新于 2026.08.29

将以下提示词粘贴到你的 AI 对话框中：

请根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md，安装 @org-02qudk26/kegg-database。

技能介绍

要解决什么问题

做通路富集、代谢注释或跨库 ID 对齐时，你往往要在 KEGG 里反复查通路、基因、化合物和药物条目，还要处理 map##### / hsa##### 等不同 ID 格式，以及 image、kgml、json 等输出限制。手工拼 REST URL 容易踩 400/404，批量拉取也容易违反「单次最多 10 条、图谱类仅 1 条」的 API 约束。

技能如何工作

本技能围绕 KEGG REST API 提供 scripts/kegg_api.py 中的 Python 辅助函数，并在 references/kegg_reference.md 中给出完整操作说明。可按任务选用七类核心操作：

  • kegg_info / kegg_list：看库元数据、列物种通路或基因目录（如 hsa、mmu）
  • kegg_find / kegg_get：关键词或分子量/分子式检索，并按需取 FASTA、MOL、PNG、KGML、JSON 等格式
  • kegg_conv / kegg_link：与 NCBI、UniProt、PubChem 等互转 ID，或在 genes↔pathway、pathway↔compound 等关系里找关联
  • kegg_ddi：查药物-药物相互作用

文档中还整理了常见工作流（基因→通路、通路富集上下文、化合物→通路、跨库集成、物种间通路对比）以及代谢、信号、疾病等七大通路类别，便于解释 map00010 这类 ID 的含义。

适用边界与注意点

KEGG API 仅供学术用途；商业场景需另行许可。调用时注意条目上限与格式限制；404 多为 ID 或物种代码错误，image/kgml/json 勿做批处理。复杂、长链路分析可配合 KEGG Mapper 等外部工具，本技能侧重可脚本化的 REST 查询与 ID 链路。

使用场景

  • RNA-seq 得到差异基因列表后，用 KEGG 把基因关联到 hsa 通路并拉取通路成员基因，供 GSEA 或超几何富集使用。
  • 代谢物鉴定后按分子式或精确质量在 KEGG 检索化合物 ID，再通过 pathway↔compound 链接定位相关代谢通路。
  • 整合自有注释表时，将 `hsa:####` 等 KEGG 基因 ID 批量转换为 NCBI 或 UniProt 标识符以便对齐外部数据库。
  • 评估联合用药方案时，对两个 KEGG 药物条目调用 DDI 接口，核对是否存在 documented 的药物-药物相互作用。

适合人员

  • 负责转录组下游分析的生物信息学工程师，经常要把差异基因映射到 KEGG 通路并导出通路基因集。
  • 做代谢组或脂质组课题的研究生，需要把检出峰对应到 KEGG 化合物并解释所在代谢通路。
  • 维护多源注释管道的数据工程师，需在 KEGG 与 NCBI、PubChem 之间做 ID 转换后再入库。
  • 从事药理信息学或药物 repurposing 的研究员，在学术用途下查询 KEGG 药物条目与相互作用关系。