技能介绍

要解决什么问题

做 PCD / RCD（程序性/调控性细胞死亡）方向的肿瘤 bulk 转录组课题时，常见困境不是「缺工具」，而是缺一份可辩护、可执行的研究设计：从 curated 细胞死亡基因集、分子分型、免疫浸润到预后模型、突变/TIDE/TMB/检查点、以及计算药物敏感性假设，模块很多，但数据层与证据层级若对不齐，审稿或组内讨论很容易被打回。

本技能面向「完整结构化研究方案」而非文献综述、模糊流程或工具清单。输入通常是 [癌种] + [细胞死亡/机制主题]（如铁死亡+肝癌、焦亡+卵巢癌），可附带预后、免疫治疗、药敏、仅公共数据、目标期刊档次等约束。

技能如何工作

执行按固定 7 步推进：推断研究类型 → 选择研究模式（基因集驱动、分子分型、预后签名、免疫分层、转化药敏假设等）→ 输出 Lite / Standard / Advanced / Publication+ 四档配置（目标、数据、模块、工作量、图表复杂度、优劣）→ 推荐一档主路径并说明取舍 → 文献检索层（仅输出可核验 DOI/PMID 等，不编造引用）→ 依赖一致性检查（无数据层则禁止相应声称，如仅有表达则不能说 ICI 真实疗效）→ 按 8 字段模板写逐步工作流，并交付 A–I mandatory 章节（科学问题、配置表、证据/依赖图、流程、图表交付、验证层级、最小可执行版、发表升级路径等）。

参考范式贴近：curated 基因集 → 亚型发现 → 免疫景观 → 预后签名 → TIDE/TMB/检查点 → oncoPredict 类药敏假设；实现上强调泛化模式而非机械复刻某篇 STAD 论文。

适用边界

明确超出范围时会 redirect 并停止：临床用药建议、患者个体选药、纯湿实验且无组学分析计划、仅 scRNA 或仅 MR 且不遵循本 bulk 预后框架、非肿瘤或非生物医学请求。药物与免疫治疗相关结论须标注证据公式（如仅为计算药敏假设、或仅为 TIDE/TMB 预测语境），避免把关联分析写成临床验证。