过程相关诊断标志物列线图规划

要解决什么问题

过程相关诊断生物标志物论文往往是一条固定流水线：选病与 bulk 转录组 → 过程基因家族检索 → DEG → WGCNA 模块整合 → 候选基因交集 → 机器学习特征筛选 → 列线图与 ROC/校准/决策曲线 → 免疫浸润与调控网络 → 外部数据集或湿实验验证。自己从零搭方案时，常见问题不是「缺工具」，而是模块依赖没对齐（例如还没定义过程基因集就谈 LASSO、没有独立验证却写列线图结论），以及工作量与投稿目标不匹配。

本技能输出的是可执行的研究设计，不是文献综述或工具清单。

技能如何工作

输入需包含：疾病/表型 + 过程基因家族/通路主题 + 验证方向（可选补充 WGCNA、列线图、免疫、外部验证、实验验证等）。技能按固定顺序执行：

• 推断研究类型：主目标是发现、建模还是验证优先，资源约束（仅 bulk、不做 WGCNA 等）
• 匹配研究模式：过程-DEG 发现、共表达模块整合、ML 标志物筛选、诊断模型/列线图、免疫与调控解释等，可组合
• 给出 Lite / Standard / Advanced / Publication+ 四档配置，并推荐一条主路径及理由
• 文献检索层：为设计决策检索可核验文献（无 DOI/PMID 等则不编造）；无法检索时输出检索策略与证据缺口
• 依赖一致性检查：每步端点需写明逻辑公式（如 DEG ∩ 过程基因、候选基因 + LASSO + 外部 ROC）；纯公共生信方案不得声称动物/qPCR 等未声明的实验验证
• 分步工作流与强制输出块（科学问题、配置对比、依赖/证据图、图表交付、分层验证说明、最小可执行版本等）

适用边界

• 适用：bulk 发现 + 过程相关诊断标志物 + 可选列线图/免疫/外部验证的生信课题规划
• 不适用：临床用药或个体化诊疗建议、纯预后生存模型且无过程相关诊断骨架、纯单细胞且无 bulk/诊断模型主线、纯湿实验机制且无生信整合、非生物医学话题——会按 SKILL 约定拒答并说明范围