RCSB PDB 结构数据库

要解决什么问题

做药物靶点分析、同源建模或结构比对时，你往往要在 RCSB PDB 里翻 20 万+ 条实验结构与计算模型：按名称或属性筛条目、用序列/3D 相似性找模板、拉 PDB/mmCIF/BinaryCIF 坐标，还要读分辨率、实验方法与实体信息。手工在网页点选很难接到 Python 或批量流水线里。

技能如何工作

本技能围绕官方 Search 与 Data API（含 GraphQL）组织操作：

• 搜索：文本与属性查询、序列相似性、结构相似性，以及用逻辑运算符拼组合条件
• 检索：条目详情、聚合物实体、元数据与质量指标
• 下载：按 PDB_ID 走固定 URL 或 ModelServer 取 BinaryCIF；需要功能形式时可取生物学组装（如 .pdb1）
• 处理与批量：配合 rcsb-api（rcsbapi.search / rcsbapi.data）及 BioPython 等库解析坐标、抽元数据、对多结构重复同一套步骤

典型路径：定搜索条件 → 得到 PDB ID 列表 → 拉坐标与元数据 → 进入下游对接、口袋分析或建模。

适用边界与注意

• PDB ID 为 4 字符（如 4HHB）；AlphaFold / ModelArchive 条目常带 AF_、MA_ 前缀，查询与下载时要区分。
• 晶体分辨率越低通常细节越好；批量筛结构时建议把分辨率、方法一并写入属性条件。
• 复杂查询、速率限制与 schema 细节见技能内 references/api_reference.md；深度多步工作流可结合托管研究环境，但单点检索与下载用本技能即可覆盖。