技能介绍

要解决什么问题

做「常规肿瘤生物标志物 / Hub 基因」类生信论文时，难点往往不是缺工具，而是整条研究链路是否自洽：差异表达、生存筛选、PPI 枢纽基因、诊断/预后评估、免疫浸润或甲基化支撑、外部验证与可选湿实验，各模块之间的依赖关系一旦写错，审稿人很容易抓住「终点没有对应上游证据」这类硬伤。本技能的目标不是文献综述或工具清单，而是生成可执行、结构化的研究设计方案，并给出 Lite / Standard / Advanced / Publication+ 四套工作量配置与一条主推荐路径。

技能如何工作

输入需满足：癌种 + 生物标志物方向 / Hub 基因方向 / 预后方向（可补充 public-data-only、不做湿实验、单一 lead gene、免疫或甲基化侧重、期刊档次等）。执行流程固定为七步：

推断研究类型——癌种、标志物逻辑（预后签名 / Hub 发现 / 混合 / 免疫背景 / 转化验证）、资源约束；信息不足时显式写出默认假设。
选择研究模式——如 Signature-First、Hub-Gene-First、Hybrid、Immune-Context、Translational Validation 等。
输出四套配置——每套含目标、数据、主要模块、工作量、图表复杂度、优劣势。
推荐主方案并说明为何其它档位不适合当前诉求。
文献检索层（强制）——仅为设计支撑；禁止编造 PMID/DOI；无法核验则标明证据缺口或检索策略。
依赖一致性检查——例如未声明甲基化/组织/蛋白数据时，不得出现甲基化因果、组织验证、蛋白结论等表述；终点筛选须写明公式（如 DEG ∩ 生存相关 ∩ PPI hubs）。
完整工作流与强制输出 A–I——含科学问题、配置对比、依赖/证据地图、分步流程（含数据集免责声明）、图表交付、验证层级区分、最小可执行版（2–4 周）、发表升级路径、参考文献包。

适用边界

不在范围内：临床试验方案、给药与处方、个体化治疗建议；纯 scRNA / MR / GWAS 且无常规 bulk 肿瘤标志物骨架；无计算框架的纯湿实验；非生物医学话题。遇到上述情况应使用技能内规定的 redirect 话术并停止展开方案。

截图预览

使用场景

你已定 LUAD 课题，要用 TCGA/GEO 做肿瘤 vs 正常 DEG、生存筛选和 PPI，最终收敛到一条 lead gene，需要四套工作量对比和主推荐路径。
HCC 生物标志物论文要串起 DEG、预后、PPI、免疫浸润与甲基化模块，并规划可选组织验证，但先要确认各步依赖是否自洽。
胃腺癌方向要求仅用公共数据、不做湿实验，需要 Lite 与 Standard/Advanced 模块差异及 2–4 周最小可执行版清单。
结直肠癌诊断与预后评估为主、明确不做湿实验，需要输出带依赖地图的方案，避免写出无数据支撑的甲基化或组织结论。

适合人员

肿瘤学或生信方向研究生开题前，要把「差异表达→生存→PPI→单基因」写成导师和答辩能追问的逐步方案而非工具堆砌。
青年科研人员准备投稿常规肿瘤标志物文章，需要按 Standard/Publication+ 补全外部验证、免疫或甲基化层及审稿人-facing 的验证层级表述。
与临床合作的主课题负责人，资源限定为公共队列且周期紧，需要明确哪条配置能做诊断 ROC、哪条不能做组织验证结论。
跨癌种或 pan-cancer-lite 思路、只锁定一个候选基因时，需要在 Signature-First 与 Hub-Gene-First 模式间选型并写清终点筛选公式。