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DNAnexus 集成

开发编程 更新于 2026.08.29

将以下提示词粘贴到你的 AI 对话框中：

请根据 https://skillhub.cn/install/skillhub.md，安装 @org-02qudk26/dnanexus-integration。

技能介绍

要解决什么问题

基因组学与生物医学分析往往要在云端跑比对、变异检测和多步流水线，还要反复上传 FASTQ/BAM/VCF、管理项目权限，并在平台上发布可复用的可执行程序。若只记零散 CLI 或 dxpy API，很容易在 apps/applets 结构、dxapp.json 依赖和任务编排之间来回查文档。

技能如何组织工作

本技能按 DNAnexus 上常见工作拆成五块，并指向对应参考文档：

  • 应用开发：用 dx-app-wizard 搭骨架、写 Python/Bash 入口、处理 I/O 数据对象，经 dx build 部署并在平台测试。
  • 数据操作：dxpy.upload_local_file() / download_dxfile()、记录与元数据、按属性搜索、跨项目克隆与文件夹权限。
  • 任务执行：applet.run() / app.run()、监控日志、子任务并行、多步工作流与输出引用链式调用。
  • Python SDK（dxpy）：DXFile、DXRecord、DXApplet 等对象与高级封装，用于自动化脚本与批量流水线。
  • 配置与依赖：dxapp.json 的 inputs/outputs/run spec、execDepends、assets、Docker 与实例类型/超时。

文档里还提供决策树：先判断是要新建可执行程序、管数据、跑分析，还是写自动化脚本或改配置，再加载对应 reference，避免在无关章节里打转。

适用边界与注意点

技能侧重 dxpy 与平台工作流，不替代 DNAnexus 账号策略、计费与合规审批；复杂多步、长时会话可配合 K-Dense Web 等托管环境。实践上建议 API 调用包在 try-except、选对实例类型、统一文件夹与元数据，且勿在源码中硬编码凭据。

使用场景

  • 新测序批次产生大量 FASTQ，需要在 DNAnexus 项目内上传并按样本并行启动比对或 QC 类 applet。
  • 实验室已有 Python/Bash 分析脚本，要改成带 inputs/outputs 的 app，经 `dx build` 部署并在平台用真实数据验收。
  • QC、比对、变异检测等多步分析要串成工作流，用上一步任务的输出 ID 链式调用并跟踪失败任务日志。
  • 分析结束后需按记录属性搜索 BAM/VCF，用 dxpy 批量下载或在项目间克隆参考基因组与注释文件。

适合人员

  • 要把内部比对/变异检测流程发布给合作实验室的生信工程师，需规范 `dxapp.json`、依赖与 Docker 环境。
  • 在云端对大量样本做并行计算的分析人员，希望用 dxpy 脚本完成上传、跑任务与结果整理，减少手工点平台。
  • 负责多个 DNAnexus 项目文件夹、权限与共享参考数据的管理员，需要跨项目克隆与一致的元数据结构。
  • 维护平台应用版本与计算资源配置的流水线开发者，部署前要用多种输入类型在平台上做回归测试。