PubMed 文献检索与研究

要解决什么问题

做生物医学文献调研时，你往往要在 PubMed 检索、PMID 元数据、PMC 全文、DOI/PMCID 互转和 MeSH 扩词之间来回切换，还要自己处理 NCBI 限速、Europe PMC 与 Unpaywall 的回退逻辑。若仍依赖旧的 TypeScript MCP 服务编排，命令与配置分散，结果也不利于脚本化复用。

本技能用目录内捆绑的 Python 客户端（scripts/pubmed.py）把上述能力收成一条「技能优先」工作流：默认输出 JSON，需要给人看时再加 --format markdown。

核心能力与典型流程

• 发现文献：search 配合 --summary-count，直接拿到题名与期刊，而不是一堆裸 PMID。
• 已知标识符：对 PMID 跑 fetch，拉取摘要、作者、DOI、PMCID、MeSH、关键词与出版类型等结构化字段。
• 全文：有 PMCID 时优先 fulltext --pmcids；否则用 --pmids 或 --dois，经 PMC、Europe PMC，并在配置邮箱后可选走 Unpaywall 的合法 OA 回退。
• 检索精度：先 mesh 再带引号的 MeSH 词 search；引用信息杂乱时用 lookup-citation 再决定是否 broad search。
• 标识符互转：convert 做 DOI/PMID/PMCID 交叉；注意 PMC ID Converter 只覆盖已编入 PMC 的记录。

配置优先级：--config 指向 YAML、环境变量（NCBI_API_KEY、NCBI_ADMIN_EMAIL、UNPAYWALL_EMAIL、EUROPEPMC_EMAIL），或匿名访问 NCBI（更低限速）。

边界与注意点

• 请配置 NCBI_ADMIN_EMAIL（及可选 API Key）以满足 NCBI 对工具名与联系邮箱的要求；有 Key 时脚本会缩短请求间隔。
• Europe PMC 默认开启，可在配置或 EUROPEPMC_ENABLED=false 关闭。
• 不要在技能目录里写入真实密钥；错误信息里会对 api_key 做脱敏，日志里也不要 echo 带 key 的完整 URL。