技能介绍

要解决什么问题

把「某个疾病 GWAS 位点可能通过哪条分子机制起作用」落成可执行方案，往往卡在几件事上：位点层面的问题是否说清楚（是解释整个 locus、还是优先某个基因/蛋白/剪接事件）、GWAS 驱动信号与 QTL 驱动信号如何区分、共定位（shared signal） 与单纯的 locus overlap 不能混为一谈，以及 LD、祖源、坐标 build、汇总统计完整性如何对齐。本技能面向需要从疾病/性状/位点/基因优先化想法，走到结构化共定位研究设计的场景，而不是泛泛的 GWAS 综述、纯 MR 模板或整篇论文代写。

技能如何工作

你提供疾病或性状、目标 GWAS 位点、或「用 QTL 证据做候选基因排序」等输入；技能按固定八步推理：厘清位点级问题 → 从参考库选定主导研究模式 → 定义 GWAS/QTL 数据架构（组织、祖源、LD、全基因组 vs 靶向 locus）→ 设计 harmonization 与共定位策略（窗口、等位基因对齐、主方法框架）→ 写明候选优先化规则 → 仅在合理时挂载 fine-mapping、SMR、MR、sc-eQTL 等后续模块 → 定义证据阶梯与可声明边界 → 输出 Lite / Standard / Advanced / Publication+ 四档工作量并推荐主方案。

强制输出 A–L 结构：研究 framing、工作量表、推荐模式、分步 workflow（含数据集免责声明）、数据与 locus 定义、核心分析模块与方法理由、候选排序框架、验证与证据层级、偏倚与失败点、图表与交付物、文献与引用计划、最小可执行版本与升级路径。references/ 下的模块（study patterns、analysis modules、method library、validation hierarchy 等）在对应章节必须被调用，缺了则视为不完整。

适用边界

在范围内：eQTL / pQTL / sQTL（及混合）与 GWAS 的 locus 整合、候选基因/蛋白/剪接事件优先化、在共定位基础上衔接 MR/SMR/功能注释。
不在范围内：患者个体诊疗建议、无位点机制目标的纯 PRS、无 GWAS/QTL 汇总统计支撑的纯湿实验设计、与 locus 整合无关的 bulk 差异表达、离题请求。
硬规则：不把共定位 posterior 当成效应基因或完整机制的「证明」；不默认血液 QTL 适配一切疾病；不把 eQTL、pQTL、sQTL 揉成同一种证据类型；祖源与 LD 参考不匹配、多位点独立信号、统计不全等须在偏倚审查中显式写出。